由于色谱指纹图谱数据的复杂性，有时同时兼顾积分结果的全面性和精确性之间存在一定冲突，此时手动积分可起到应有的补充作用。
添加色谱峰： 单击工具栏按钮□4，然后在峰前沿位置单击鼠标左键，随后在屏幕上拖动绘出色谱峰基线，在峰后沿位置再次单击鼠标左键，即完成添加任务。见图3-16○1。
删除色谱峰： 单击工具栏按钮□5，然后在第一个待删除峰的前沿左侧任意位置单击鼠标左键，随后在屏幕上拖动绘出选择范围，在最后一个待删除峰的后沿右侧任意位置再次单击鼠标左键，即完成（批量）删除任务。见图3-16○2。
修改色谱峰： 该命令仅对色谱峰的基线位置进行修改，不支持修改色谱峰的起止位置。使用时，单击工具栏按钮□6，然后在第一个待修改峰的前沿左侧新的基线开始位置单击鼠标左键，随后在屏幕上拖动绘出新的基线走向，在最后一个待修改峰的后沿右侧新的基线结束位置再次单击鼠标左键，即完成（批量）修改任务。见图3-16○3。