化学指纹图谱共有模式（Common pattern）是通过将代表性样品群组的特征进行系统统计筛选而模拟生成的包含所有共有峰（或共有变量）信息在内的模式图谱。该图谱具有该类样品的典型特征，在确证适用的前提条件下可将其视为该类样品的参照物，或称对照指纹图谱。从方法学和实践角度而言，通过统计规则筛选获得的共有模式要比人为指定某一样品或共有峰组成作为参照物可靠。
共有模式通常在化学指纹图谱分析中用于计算样品的相似度值。在相似度计算过程中，每个待测样品与共有模式两两比较，此时二者所有的共有和非共有峰都纳入计算之中。
而在大多数的化学计量学及模式识别分析中，则要求样品和共有模式具有一致的自变量（共有峰）数。此时的共有模式起到筛选自变量的作用，即样品图谱中的非共有峰将被排除在计算外，同时样品中缺失的共有峰将视为0值而非空值。此外，对于定量化学指纹图谱分析而言，此时的数据由外标法或加校正因子的外标法含量测定计算结果自动提供。
需要指出的是，上述狭义上的共有模式仅着眼于归纳其所代表的某一类样品的整体特征信息，本质上是由特征峰构成的集合，包括了特征指纹图谱的定性内容，而不包含回归预测或模式判别所需的全部特征信息。因此不同于分析化学含量测定中的各类回归模型，也不同于化学计量学和模式识别中的判别模型。而广义上的化学指纹图谱共有模式可构建为“全景式”描述分析对象的定量数学模型和相关大数据集，在功能上涵盖上述3类模型。