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薄层色谱法作为开放式的离线分析技术，分析方法较为灵活，但同时影响因素也较多（图4-1）。因而不规范的操作将对色谱图的分离度和重现性产生极大的影响。因此应采用半自动或自动化的方式进行试验，以下是一些简要的标准化操作要求，供实践中参考。本节湿法实验的事项不属于手册内容范畴，因此此处不做展开讨论。
样品和对照品的供试品溶液经微孔滤膜过滤后，以半自动或全自动点样方式，氮气作为载气，采用非接触式条带状点样方式上样于预制高效薄层色谱板。薄层板在点样前以正丁醇等进行预洗，点样后的薄层板经充分干燥活化后，于密闭性能良好的双槽层析缸内进行上行展开。展开完毕的薄层板应立即进行干燥或衍生化后进行成像。
在定量分析时，参与计算的样品与对照品应来自同一块薄层色谱板，并采用双样法进行间隔点样。如果需要比较分析来自不同薄层板（应为同批号预制板）的样品数据且未测定其含量，则应采用数据预处理方法以消除不同薄层板对结果重现性的影响。详见3.8 多组分含量测定及11.1.1数据预处理。
