平面色谱与柱色谱法相比的优点之一在于其所携带的可见光、荧光、荧光淬灭及通过衍生化技术所形成的各类化合物的丰富色彩信息。因此在ChemPattern中，平面色谱图数据均以彩色数字图像为载体进行导入和分析。首先，薄层图谱需经专业及科研级CCD或CMOS为感光元件的数码相机成像后，保存为下列所支持的图像格式。
| 类型 | 扩展名 | 特点 |
|---|---|---|
| 联合图像专家组（JPEG） | .jpg, jpeg | JPEG（joint photographic experts group）是一种有损压缩的图像格式，缺点在于保存和另存时图像存在不同程度的损失。薄层图谱不推荐使用或应仅在高分辨率和低压缩比的条件下使用该格式。 |
| Windows位图 | .bmp | BMP（bitmap）是无压缩的位图图像格式。缺点是高分辨率图像的文件保存尺寸较大，一般为JPEG格式的数十倍。 |
| 便携式网络图形（PNG） | .png | PNG（portable network graphics）是一种无损压缩的位图图像格式，生成的图像文件大小介于BMP和JPEG之间。 |
| 标签图像文件格式（TIFF） | .tiff | TIFF（tagged image file format）是一种无损压缩的位图图像格式，根据成像硬件规格的不同，一般可支持12位颜色通道（其他格式通常仅支持8位通道），因此有利于薄层色谱信息的高精度重现。 |
ChemPattern支持分析最高12位（4096灰阶）的颜色通道格式图像，因此可更精确地还原薄层色谱的色彩信息。要在ChemPattern中使用12位图像，应首先确认相机支持存储为12位及以上的RAW文件格式的功能，并开启RAW存储功能。该功能在相机中通常以RAW符号表示。
接下来，成像后图谱的RAW文件通过相机厂家或第三方图像处理软件下载并另存为16位 TIFF格式文件，即可导入ChemPattern进行识别和分析。