该视图提供以三维方式生成并观察平面色谱图像的工具，并支持不同的色彩通道重建。
相关的属性栏项目参数设置及说明如下：
| 项目名称 | 描述 | 选项 |
|---|---|---|
| 三维薄层图谱显示 | 设置3D薄层图谱的显示 | |
| 薄层图谱 | 选择一张薄层图谱以观察其三维重建 | 薄层图谱列表 |
| 扫描颜色通道 | 选择薄层色谱扫描数据所来自的颜色通道。其中RGB各单色通道主要用于成分局部斑点浓度在CCD成像时超线性响应范围的情况。 | 自动、+灰度通道、+R通道、+G通道、+B通道、-灰度通道、-R通道、-G通道、-B通道 |
| 图形背景色 | 选择图表的背景色 | |
| 3D渲染选项 | 设置3D视图中图形的渲染参数 | |
| X轴旋转角度 | 视图的X轴旋转角度，-180°～180°可选 | 取值范围：-180～180 |
| Y轴旋转角度 | 视图的Y轴旋转角度，-180°～180°可选 | 取值范围：-180～180 |
| X轴偏移 | 设置视图的X轴偏移程度，像素为单位 | |
| Y轴偏移 | 设置视图的Y轴偏移程度，像素为单位 | |
| 视图缩放 | 3D物体的缩放倍数，0.1～3倍可选 | 取值范围：0.1～3 |
| 挤压系数 | 设置3D物体的立体化程度。0（平面）～1可选 | 取值范围：0～1 |
三维薄层图谱视图提供如下交互式操作功能查看图谱的三维重建效果：
按下鼠标左键不放，鼠标指针呈十字型，拖动鼠标从而以任意角度旋转图谱；
按下鼠标右键不放拖动鼠标，从而移动图谱在视图内的相对位置；
滚动鼠标滚轮，可调节图谱的缩放比例；
单击工具栏的“调节比例”按钮，可在下拉对话框中调节图形的立体效果，0%为平面图形，100%为最大突出效果。
界面下方的列表栏内依次列出每个所显示样品的信息，供观察时参照使用。