色质联用特别是液质联用质谱总离子流色谱图谱通常都伴随着较强的本底碎片离子干扰。质谱去背景用于质谱基线噪音的扣除，可提高特别是原先湮没在基线噪音中的微量成分的质谱数据信的噪比，并同时起到减小数据量、改善积分以及图谱基线的效果。
软件共提供3种不同类型的背景扣除方法：
访问质谱去背景操作的方法为编辑菜单去背景。对应的选项及描述详见下表：
| 项目名称 | 描述 | 选项 |
|---|---|---|
| 质谱背景扣除 | 对质谱数据进行背景噪音的扣除，从而提高数据信噪比、加快处理速度和节省存储空间。注意：1）需要从样品初始导入位置重新读取原始文件；2）执行完毕后将自动保存解决方案。 | |
| 去背景方法 | 选择对总离子流图进行背景扣除的方法。其中线性方法速度最快，但信号存在一定程度的损失；背景离子扣除方法生成图谱的质量较好，但相对耗时。 | 无、线性背景扣除、空白基线扣除、背景离子扣除 |
| 离子强度阈值 | 设定一个强度阈值，该数值以下的离子碎片将作为噪音被扣除 | 取值范围：2～1000 |
| 基线开始（min） | 选择TIC/BPI图谱中的一段作为基线从背景中扣除 | 取值范围：0～100 |
| 基线结束（min） | 选择TIC/BPI图谱中的一段作为基线从背景中扣除 | 取值范围：0～100 |
| 离子峰容差（Da） | 设定不同扫描质谱图之间的同一个碎片离子的质荷比漂移范围的容差。 | 取值范围：0.01～1 |
| 平滑窗口 | 设定背景离子扣除中对基线进行平滑处理的采样点数据窗口大小，必须为奇数。较大的采样窗口可提高本底扣除的准确性，但须花费更多的处理时间。 | 取值范围：3～30 |
| 噪音甄别阈值 | 设定背景离子扣除判别基线的相似度阈值，数值越大则基线判断越严格，0.3-1.0可选。 | 取值范围：0.3～1 |
| 样品操作 | 选择一个针对样品的操作 | |
| 应用于所有图谱 | 是否将当前操作应用于所有图谱 |