作为质谱数据分析的常用操作之一，质量色谱图通过重建全扫描总离子流色谱图的局部，从而生成特定质量离子强度随分析时间变化的离子流图。ChemPattern提供下列类型的质量色谱图：
在质谱质量色谱解决方案中，任何添加的质量色谱图都可替换默认的总离子流色谱图用于色谱峰积分以及后继的定性、定量分析。在6.质谱解卷积解决方案中，还提供两种解卷积质量色谱图供辅助解卷积分析使用。
访问质量色谱图操作的方法为编辑菜单质量色谱图。对应的选项及描述详见下表：
| 项目名称 | 描述 | 选项 |
|---|---|---|
| 质量色谱图 | 设置从质谱总离子流图中提取质量色谱图的选项 | |
| 添加质量色谱图 | 向当前样品图谱中添加指定的质量色谱图 | 总离子流色谱图 (TIC)、基峰离子流色谱图 (BPI)、提取离子流色谱图 (EIC/MC)、解卷积总离子流色谱图、解卷积背景总离子流色谱图 |
| 提取离子流 (m/z) | 设定提取离子流的质荷比，从而生成提取离子流色谱图（EIC，或称质量色谱图MC）。 | 输入格式可为单个或多个质荷比，以及质荷比范围（以-号连接），之间以分号分隔。如123.456;130-140。 |
| 离子峰容差（Da） | 设定不同扫描质谱图之间的同一个碎片离子的质荷比漂移范围的容差。 | 取值范围：0.01～1 |
| 替换当前离子流图 | 是否用提取获得的首个离子流图替换当前样品图谱的总离子流图 | |
| 样品操作 | 选择一个针对样品的操作 | |
| 应用于所有图谱 | 是否将当前操作应用于所有图谱 |