在中药材黄芪（Radix Astragali）含量测定方法的供试液制备中（左图），将多个原生皂苷水解为黄芪甲苷进行测定。而色谱指纹图谱所采用的样品制备方法（右图）则尽量保留样品的原始组分信息。
与传统的色谱法含量测定相比，围绕着非目标分析的分离目的，色谱指纹图谱和化学计量学分析对整个方法学开发过程提出了更高标准的要求，也需要更加自动化的分析仪器及规范化的标准操作规程。本节湿法实验事项不属于手册内容范畴，因此不做展开讨论。
为了使关键变量提取及模式识别等化学计量学分析得以有效进行并确保结果具有统计学意义，应尽量提供较大的样本集。通常10个批次的样品是最低要求，理想批次应大于100。所获取的样本应具有充分的代表性，即能够充分体现分析目标可能存在的各类属性特征及其系统差异。此外不同类型样本数量应尽量平衡，详见3.6共有模式设定。
复杂体系的待分析样品通常包含大量未知组分以及存在基质干扰效应，因此可在必要时对样品供试液进行除杂和富集。除特殊分析目的外，应在样品前处理过程中尽量防止生成人工次生降解产物，以尽可能获取分析对象的原始组分信息全貌。
在色谱的系统适应性试验考察中，一个好的色谱指纹图谱应该具有良好的分离度（Resolution）、稳健性（Robustness）以及重现性（Reproducibility），三者的重要程度依次递进。良好的分离度是色谱指纹图谱分析所追求的目标，但必须建立在保证试验重现性和稳健性的先决条件之上。
