ChemPattern使用数字扫描的方式将薄层色谱图像转换为轮廓图，从而为后继的色谱峰积分等操作以及平面色谱化学计量学分析提供数据支持。薄层色谱数字图像扫描包括样品轨道定位、颜色通道扫描，以及色谱曲线平滑等步骤。以下对各步骤的详细操作和参数配置分别说明。
在将薄层色谱图像数据导入ChemPattern时，即会自动根据所提供的轨道数以及成像波长进行图像的智能识别以及轨道定位。如果色谱图的质量不高，或者参数设置有误（如波长设置不正确），则自动轨道定位可能失败并给出提示信息。
如果需要对轨道自动定位结果进行微调，或者提示自动定位失败，则可进行轨道的手动定位。访问该功能的方式为在平面色谱图视图中，单击按钮“手动轨道设置”，或编辑菜单“手动轨道定位”。
在进入手动轨道定位模式后，平面色谱视图窗口中的四个定位指示滑块将被激活，分别对应薄层色谱图像需要定义的四个坐标参数（图4-5）。
设置完毕后，再次单击“手动轨道设置”按钮或菜单项，则所有指定轨道的样品色谱图将按当前的扫描参数配置进行创建并加入当前解决方案样品树型列表的末尾位置。
在导入薄层图像到解决方案或重新执行手动轨道定位后，都将按照解决方案默认的或当前已设定的薄层数字扫描参数对样品轨道进行数字轮廓图生成扫描。访问或调整扫描参数的方法为编辑菜单“薄层图像扫描”。对应的属性栏项目参数及设置如下：
| 项目名称 | 描述 | 选项 |
|---|---|---|
| 薄层轨道扫描 | 设置有关薄层轨道扫描的参数。要使设置生效需要再次扫描薄层板图像。 | |
| 扫描颜色通道 | 选择薄层色谱扫描数据所来自的颜色通道。其中RGB各单色通道主要用于成分局部斑点浓度在CCD成像时超线性响应范围的情况。 | 自动、+灰度通道、+R通道、+G通道、+B通道、-灰度通道、-R通道、-G通道、-B通道 |
| 平滑窗口大小 | 设置Savitzky-Golay滤波平滑窗口所包含的数据点个数。 如果设为0，则不进行平滑。 | 取值范围：0～99 |
| 拟合阶数 | 设置Savitzky-Golay滤波的阶数，2-5可选。 | 取值范围：2～5 |
| 薄层轨道位置指示 | 设定薄层轨道位置指示标记的外观 | |
| 轨道指示颜色 | 设置指示薄层板轨道位置的矩形选框的颜色 | 取值范围：0～0 |
| 轨道指示透明度 | 设置薄层板轨道位置指示矩形的透明度。0-255（透明-不透明）可选。 | 取值范围：0～255 |
薄层图谱的颜色通道扫描是将图像的色彩数据转换为样品的色谱轮廓曲线的关键步骤。有关原理详见12.26薄层数字图像。色彩通道的选取规则参考如下：
如果薄层图像中存在由于薄层板固定相或显色问题造成的背景噪音较严重的情况，则可在扫描过程中开启曲线平滑功能。合适的平滑参数可通过重复启动手动轨道定位模式从而获得比较和确认。有关平滑滤镜的说明详见12.2 Savitzky-Golay平滑滤波。