在质谱质量色谱解决方案中的样品图谱视图中，图谱显示区域由样品总离子流色谱图（TIC）与质量色谱图（MC）叠加显示窗口，以及质谱图窗口共同组成。
该视图属性栏中的选项及描述详见下表：
| 项目名称 | 描述 | 选项 |
|---|---|---|
| 样品信息 | 显示并设定样品的相关属性 | |
| 图谱名称 | 设置图谱的名称 | |
| 离子源 | 质谱离子源 | 电喷雾电离（ESI）、电子轰击电离（EI）等… |
| 离子模式 | 质谱的离子采集模式 | 阳离子、阴离子 |
| 质量分析器 | 质谱质量分析器 | 离子阱、四级杆等… |
| 时间范围（min） | 显示当前图谱的总运行时间 | |
| 采样时间间隔（ms） | 以时间间隔（ms）方式显示的采样频率 | |
| 扫描质量范围（m/z） | 质谱图的扫描质量范围 | |
| 快速积分 | 设置图谱的基本积分选项。完整的积分功能可自“编辑”菜单中调用 | |
| 斜率 | 设置积分曲线斜率值。小的斜率值意味着灵敏的谱峰检测。 | |
| 最小相对峰高（%） | 峰高占图谱最强峰高的百分比小于设定值的色谱峰将不被积分 | 取值范围：0～100 |
| 最小百分比峰面积（%） | 峰面积占图谱总峰面积百分比小于设定值的色谱峰将不被积分 | 取值范围：0～100 |
| 积分开始 | 保留时间（min）或Rf值小于设定值的色谱峰将不被积分 | |
| 积分结束 | 保留时间（min）或Rf值大于设定值的色谱峰将不被积分 |
样品质量色谱图窗口（图5-5上）显示样品供积分使用的质量色谱图，通常是总离子流图（TIC）或基峰离子流图（BPI），以及自定义的每个样品的10组以内的提取离子流图（EICs）的叠加图。
在 “质量色谱图”下拉菜单中，可选择是否显示当前色谱图窗口内的每一个提取离子流色谱图（样品用于积分的质量色谱图除外），同时也可以选择移除所有质量色谱图。详见5.5质量色谱图。
窗口还提供以下交互式显示功能：
质谱图窗口（图5-5下）显示当前选择的质谱图。其中离子质荷比的小数点后保留位数，可由软件设置用户界面质谱质荷比格式进行设置，用于低分辨质谱和高分辨质谱的自定义显示。
窗口还提供以下交互式显示功能：
兼容缩放、滚动、跟踪等图谱操作方式，详见3.3.2 样品图谱视图及数据；
双击碎片离子峰附近，则将该碎片离子在色谱图中添加为提取离子流图；
通过在对应窗口内单击鼠标左键，色谱图窗口和质谱图窗口将始终只有其中一个处于激活状态（未激活的窗口坐标轴呈灰色）。若此时单击添加快照，则添加的为当前处于激活状态的图谱。
质谱质量色谱指纹图谱解决方案的工具条在柱色谱解决方案的基础上增添了部分功能，对新增按钮的功能说明如下：
| 功能 | 描述 | |
|---|---|---|
| 1 | 显示质谱图 | 切换显示质谱图窗口， 快捷键F6 |
| 3 | 质谱等高线图 | 以等高线图方式显示质谱总离子流色谱图 |
| 2 | 质量色谱图 | 从列表中选择待显示的质量色谱图 |