质谱分子特征匹配视图（图6-10）提供根据不同解卷积样品进行化合物定义、化合物分子特征匹配，以及解卷积共有模式生成的交互式操作功能。目的是根据色谱保留时间和解卷积质谱结果，通过匹配参数自动地建立不同样品图谱间化合物准确的一一对应关系。该界面所实现的色谱峰匹配功能等同于柱色谱解决方案中的3.7 保留时间校正，只是匹配过程基于解卷积色谱峰而非原始的色谱峰，并且基本不受出峰顺序的影响。
该视图高度集成显示有关各样品图谱分子特征匹配的相关数据。其中在界面右侧，由上至下依次为质谱图窗口、分子特征匹配窗口和组合标签窗口，后者又包括分子特征匹配结果列表，解卷积样品图谱窗口，以及化合物定义列表。
与3.7 保留时间校正不同，分子特征匹配过程不涉及手动匹配环节，因此该视图更多的是对匹配结果进行详细比对观察和参数调整的功能。其中的分子特征匹配窗口提供以下显示内容及交互式操作：
分子特征匹配的所有参数均在属性栏中设定，所有修改后的匹配结果更新可即时显示在匹配窗口中。对应的属性栏项目参数及设置如下：
| 项目名称 | 描述 | 选项 |
|---|---|---|
| 分子特征匹配 | 根据解卷积色谱峰提供的化合物特征碎片离子信息，进行不同样品所表征成分的自动匹配 | |
| 离子峰容差（Da） | 设定不同扫描质谱图之间的同一个碎片离子的质荷比漂移范围的容差。 | 取值范围：0.01～1 |
| 解卷积峰相似度 | 选择不同图谱间解卷积峰的离子碎片进行匹配的相似度计算方法。算法说明详见12.4 夹角余弦相似度和12.8其他常用相似度。 | 重叠系数、夹角余弦 |
| 分子特征相似度阈值 | 高于相似度设定阈值以及保留时间阈值范围内的解卷积峰将与共有峰形成匹配。 | 取值范围：0.5～1 |
| 模糊相似度阈值 | 当存在多个解卷积峰与同一共有峰的相似度超过模糊相似度设定阈值的情况时，将按照保留时间上的就近原则与共有峰形成匹配。 | 取值范围：0.5～1 |
| 峰匹配阈值（Min） | 设置峰匹配阈值，以保留时间（min）为单位，该值±范围内的最近样品色谱峰将被视为同一个化合物。用于校正色谱峰漂移或用于化学对照品归属。 | 取值范围：0.05～5 |
| 共有模式生成 | 设置共有模式的生成参数 | |
| 共有峰筛选 | 选择一个共有峰的出现频率阈值。只有在所有代表性样品中的出现频率高于阈值的自变量才作为共有峰入选 | 所有变量、25% (低四分位数)、50% (中位数)、75% (高四分位数)、100% |
| 最小共有峰值（%） | 设置最小入选共有峰与共有模式中最强峰的百分比值，从而排除次要峰 | 取值范围：0～100 |
| 显示选项 | 设定对当前数据的显示方式 | |
| 解卷积峰量化显示 | 选择对解卷积峰进行量化显示的方式 | 无、按相似程度、按相对峰面积、按相对峰高、按基峰离子质荷比 |
| 解卷积峰着色 | 选择解卷积峰分类着色显示的方式 | 按共有峰编号、按相似程度、按相对峰面积、按相对峰高、按峰保留时间、按基峰离子质荷比、按峰出现频率、按样品编号 |
| 谱图同步缩放 | 是否在缩放离子匹配视图或单击视图中的解卷积峰标记时同步缩放解卷积色谱视图 | |
| 图谱显示 | 设置需要显示的图谱类型 |
解卷积色谱峰的匹配原理基于化合物解卷积质谱图的相似程度，以及色谱峰保留时间的相似性。由于同时涉及化合物的色谱保留行为和结构信息，因此也称为分子特征匹配方法。分子特征匹配的依据以化合物的色谱分离信息（色谱峰保留时间）为主，结构信息（化合物解卷积质谱）为辅，从而充分利用色谱分离信息，并确保单凭质谱相似度计算无法正确区分的化合物（譬如手性异构体，以及在只获得准分子离子峰信息下的同分异构体等）能够最大程度得到正确匹配。下图结合各匹配参数的设置对化合物分子特征匹配流程进行演示。
此外，和柱色谱法解决方案一样（3.4.7 化合物名称标注），解卷积质谱解决方案中也可以通过分子特征匹配视图对所有样品中的相同解卷积色谱峰进行化合物名称标注，方法如下：
